Mulai dari STMIK Bina Nusantara hingga STMIK Budi Luhur.
Setelah lulus, ia pun sempat bekerja di PT Elnusa.
• Profil Jaswar Koto, Saksi Ahli Tim Prabowo - Sandiaga Uno di Sidang MK, Namanya Jadi Perbincangan
Kemudian, Marsudi Wahyu Kisworo melanjutkan studi S2 di Australia.
Ia mendapatkan beasiswa di Curtin University of Technology.
Kecerdasannya membuat Marsudi bisa lulus S2 selama setahun.
Kemudian, ia pun nekat melanjutkan S3 di bidang IT.
Pulang ke Indonesia bergelar doktor, Marsudi Wahyu Kisworo pun menjadi Direktur Penelitian dan Direktur Program Pasca Sarjana di STMIK Bina Nusantara.
Kemudian, ia pun sempat menjadi Ketua STMIK Darma Bakti.
Tak hanya itu, ternyata Marsudi pun ikut andil mendirikan Universitas Paramadina.
Kala itu ia diajak Nurcholish Madjid atau yang dikenal dipanggil Cak Nur untuk terlibat.
Saat Cak Nur maju menjadi capres, Marsudi pun sempat menggantikan tugasnya sebagai Pelaksana Harian Rektor Universitas Paramadina.
Kariernya di bidang pendidikan pun diakui keahliannya.
Kemudian, ia pun diangkat sebagai guru besar bidang IT pada 2002.
Kala itu, Marsudi menjadi profesor IT pertama di Indonesia.
Jejaknya sebagai profesor IT pertama ini membuat Marsudi semakim melebarkan sayap.